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Pur subendo un lento spopolamento per via della riduzione dei traffici nel Mediterraneo, che nei secoli passati avevano garantito la sua sopravvivenza, Sulci veniva ricordata, ancora come città fortificata, sia dal viaggiatore bizantino Giorgio Ciprio nel 636, sia dall'Anonimo Ravennate nel 700. Ma pochi anni dopo, fra il 703 e il 704, l'isola fu attaccata dagli musulmani del nordafrica che imposero agli abitanti la gizyah, cioè la tassa dovuta da coloro che, vinti in battaglia, volevano continuare a praticare la loro religione senza covertirsi alla religione islamica. Il nucleo abitato di Sulci o Sant'Antioco si raccolse attorno alla cattedrale, in epoca bizantina spesso oggetto di restauri e abbellimenti. Ma le devastanti incursioni musulmane si ripetevano periodicamente, tanto che la città fu fortificata con la costruzione di mura e, in posizione strategica, venne innalzato il Castello di Castro che, però, non fu sufficiente a salvarla; lentamente ma inesorabilmente, nel corso del tempo, la città, seguendo la stessa sorte delle antiche città costiere della Sardegna, venne abbandonata dagli abitanti che preferirono rifugiarsi nell'entroterra. Anche il vescovo si trasferì fisicamente a Tratalias, pur mantenendo il titolo sulcitano, e lo spostamento della sede fu ufficializzato con una bolla di papa Onorio III nel 1218.
L'isola fu meta di pellegrinaggi fin dall'Alto Medioevo, per la devozione al Santo patrono venerato in vari luoghi della Sardegna. Sul luogo rimasero pochi abitanti, qualche piccolo nucleo di pescatori, tenacemente attaccati alle loro case e al loro Santo patrono, i quali, in periodo giudicale, dal X secolo in poi, verosimilmente dopo il 935, diedero vita al paese o villa (bidda in sardo) di Sant'Antioco. Nel Regno giudicale di Càlari, appartenne alla curadorìa o circoscrizione amministrativa, di Sulcis (o Sulci o Sols), di cui fu capoluogo per il prestigio del suo passato. Spesso fu abitata dalla Corte giudicale calaritana perché l'isola era di sua proprietà e luogo di devozione al Santo. Nel 1089 il sovrano di questo Stato Costantino-Salusio II de Lacon-Gunale donò la chiesa di Sant'Antioco ai monaci benedettini di San Vittore che la restaurarono in forme romaniche ancora riconoscibili e la consacrarono nel 1102. Terminato il Regno di Càlari nel 1258, il paese stava spopolandosi tanto che all'inizio del XIII secolo la sede vescovile venne trasferita nel o villa (bidda) medioevale di Tratalìas, come già detto. Anche a causa di questo il paese venne completamente abbandonato dalla popolazione.
L'intera isola di Sant'Antioco, già possesso del vescovo sulcitano, fin dall'età giudicale, confermata con investitura feudale con la nascita del Regno di Sardegna nel 1324, passò all'arcivescovo di Cagliari nel 1503, quando Diocesi di Sulcis venne unita all'Archidiocesi di Cagliari. Intanto, nel 1615, l'arcivescovo di Cagliari Francesco De Esquivel, durante la diatriba con la Chiesa di Sassari per il Primato del Regno di Sardegna, ordinò una ricognizione delle catacombe per dimostrare la tradizione che, secondo un'iscrizione del vescovo Pietro, là ubicava il sarcofago di Sant'Antioco; grazie a quella ricognizione si trovarono le reliquie del Santo e riprese vigore il culto. Annualmente si teneva la sagra di Sant'Antioco, che spesso causava risse e contese con gli abitanti di Iglesias, dove, dal 1715 vennero conservate le reliquie del Santo, per essere portate sul luogo della sua morte solo una volta all'anno, il lunedì dopo la seconda domenica di Pasqua.
Nel 1758 l'isola fu ceduta all'Ordine dei SS. Maurizio e Lazzaro che nel 1782 ottenne anche la giurisdizione e la possibilità di subinfeudare. Ma l'antica città era da molto spopolata e quasi inesistente, ed era spesso attaccata da pirati barbareschi e da corsari turchi, ormai mantenuta in vita solo dal culto del santo. Una relazione dell'epoca elencava l'esistenza di 38 case, 15 botteghe, 164 fra capanne e grotte; nel 1764, si contavano 457 abitanti. Intorno alla metà del Settecento l'Ordine ne promosse il ripopolamento, incoraggiato anche dall'arrivo dei nuovi coloni fondatori nel 1770 di Calasetta. Infatti, sebbene sporadicamente abitato anche nel tardo Seicento per la presenza di famiglie di agricoltori, pastori e pescatori che risiedevano nei furriadroxius, il paese fu ripopolato solo intorno al 1750 e prese definitivamente il nome di Sant'Antioco, suo protettore e Santo patrono. Ancora nel 1758, in pieno periodo sabaudo, l'arcivescovo cagliaritano si intitolava "signore di Sant'Antioco". Nel 1799 l'Ordine dei SS. Maurizio e Lazzaro concessero l'isola in feudo a un suo cavaliere, Carlo Vittorio Porcile, nominato Conte di Sant'Antioco.
Dal 14 gennaio al 25 maggio 1793 un contingente di soldati francesi comandati dall'ammiraglio Laurent Jean François Truguet occupò l'isola e il paese di Sant'Antioco dopo essere già sbarcate a San Pietro occupando Carloforte, dove venne creato uno Stato, chiamato 'Isola della Libertà', con una costituzione repubblicana sotto la guida del giacobino Filippo Buonarrotti.
La conseguenza fu che molti suoi abitanti smisero di pagare la decima ecclesiastica e nel 1795 dovettero intervenire i soldati a ristabilire l'ordine costituito.
Il 16 ottobre 1815 l'isola e la cittadina di Sant'Antioco furono attaccate per l'ultima volta dai barbareschi provenienti da Tunisi e guidati dal rais Siddi Abzuna. Nonostante la furiosa resistenza dei difensori chiusi nel Fortino nuovo (o Sa guardia de su pisu), costruito poco prima, sui ruderi dell'acropoli punica e romana, proprio per prevenire le incursioni barbaresche, catturarono e misero in schiavitù un centinaio di abitanti, alcuni dei quali vennero riscattati sei mesi dopo dietro pagamento di una grossa somma di denaro, altri invece vennero rilasciati in base al trattato internazionale del 29 aprile 1816 che aboliva la schiavitù nel Mediterraneo.
Il paese rimase in possesso feudale dell'Ordine dei SS. Maurizio e Lazzaro fino al riscatto dei feudi del 1838. Nel 1815 gli abitanti riuscirono a riportare nella propria cattedrale le reliquie del santo patrono, che dopo una lunga contesa, dal 1715 erano conservate a Iglesias ed erano causa di frequenti conflitti fra gli animi più appassionati ed esagitati dei due centri. In periodo contemporaneo, più tranquillo e sicuro, Sant'Antioco si è sviluppata ed è cresciuta rapidamente. Nel 1901 contava 3.960 residenti; nel 1921 erano aumentati fino a 5.190; nel 1931 fino a 6.593. La chiesa storica è intitolata a Sant'Antioco, basilica paleocristiana, ristrutturata dai monaci benedettini di San Vittore tra il 1089 e il 1102, e sede cattedrale della Diocesi sulcitana fino al XIII secolo. Nell'abitato vi sono inoltre le chiese di San Pietro, costruita nel 1967; di Santa Maria Goretti, costruita nel 1950 circa; e di Nostra Signora di Bonaria, costruita nel 1990.
Testo a cura di Giovanni Serreli